相続財産を調べたら不動産が共有名義だった

代表取締役の弟の相続人の行方が分からない現時点において、不動産の売買契約をすることはできないと考えます。

現在の不動産登記に関する法律の不備であり、法改正による解決が望まれています。

-解説-
共有名義の不動産を貴社の名義とするためには、

①代表取締役の相続人の全員が関与して相続人の名義とする
②弟の相続人の全員が関与して相続人の名義とする
③前記①②で登記名義人となった方々と貴社とで売買契約を締結する

と３段階の手続きが必要となります。

しかしながら、弟の相続人の行方が不明である場合、前記②の手続きをすることができないことから、
貴社への売却手続きをすることもできず登記名義を変更することもできないこととなります。

なお、弟の相続人の一部が行方不明である場合であっても、例えば不在者の財産管理人を家庭裁判所に申立てをすることによって選任し、相続人の一部と不在者財産管理人とで協議（遺産分割協議）の上、
相続人の名義として売却することも可能ではありますが、行方不明の状況などや遺産分割の内容、
家庭裁判所の許可など個別具体的な状況によって売却の可否は異なるものでありますので、
専門家に相談することが良いと考えます。